Als Carl August Böhaimb im Jahre 1857 Stadtpfarrer von Weilheim wurde, machte er sich bald daran die Weilheimer Kirchen einer Renovierung und Umgestaltung zu unterziehen. Im Jahre 1880 war das kleine, vor den Toren der Stadt gelegene Kreuzkirchlein an der Reihe.

Als offizieller Anlass wurde das Wittelsbacher-Jubiläum von 1880 gewählt. In diesem Jahr feierte das bayerische Herrscherhaus mit vielen Festen und Veranstaltungen sein 800-jähriges Thronjubiläum. Und die Weilheimer Kreuzkirche war hier ein guter Anknüpfungspunkt, da sie eng mit einer Person aus dem Heise Wittelsbach verknüpft ist. Für die 1499 geweihte Kreuzkirche nämlich hatte Herzog Christoph der Starke, der für einige  Jahre ein Kleinstherzogtum bestehend aus Pähl, Rauchenlechsberg, Weilheim, Landsberg und Schongau  innehatte, eine Wochenmesse gestiftet.

Böhaimbs Bemühen war es, bei seinen Renovierungen eine „Stilreinheit“ zu erreichen, die dem ursprünglichen Zustand der jeweiligen Erbauungszeit nahekommen sollte. Mit diesen Vorstellungen war er ganz Kind seiner Zeit. Warum man aber für eine, das erste Mal zur Zeit der Gotik erbaute und dann im Barock neuerbaute Kirche den romanischen Kunststil wählte verwundert dann doch und ist wohl nur mit der Mittelalterbegeisterung des ausgehenden 19. Jahrhunderts zu erklären. Die Pläne für die Neugestaltung des Innenraumes und des Altars lieferte der Münchner Architekt Joseph Anton Müller. Ausgeführt wurden die Arbeiten von den Weilheimer Malern Anton Mangold und Joseph Segl und dem Schreinermeister Anton Geisenhofer.

Davor wurde auch am Äußeren der Kirche durch den Weilheimer Maurermeister Leopold Eberhart einige Änderungen vorgenommen. Das Kreuzkirchlein wurde dann im Laufe des folgenden Jahrhunderts noch des Öfteren umgestaltet. Von den Arbeiten des Jahres 1880 ist heute daher nichts mehr zu sehen. Die Pläne für die Umgestaltung jedoch haben sich im Stadtmuseum erhalten und sind vom 23. Juni bis 1. Juli in de Reihe "Schätze aus dem Depot" im Sonderausstellungsraum ausgestellt.